Как выплачивать заработную плату при нескольких государственных заказах?

Добрый день! 
 Наше предприятие получило несколько гос.заказов, соответственно по каждому был открыт отдельный счет. Нигде не можем найти ответы на вопросы, банки тоже ничего не знают. Если можно, проконсультируйте пожалуйста. Вопросы касаются оплаты труда. Можно ли перечислять отпускные, авансы на командировочные расходы с этих счетов, как быть в этих случаях с налогами? По авансам тоже не совсем понятно. С аванса по з/п НДФЛ и страховые взносы не перечисляют по НК. Штат на предприятии огромный, и один сотрудник участвует в исполнении нескольких заказов. У нас зарплатный проект т.е для перечисления на карту нужно в банк предоставить какие-то данные для перевода с ОС на основной счет.  Как все срастить, пока вопрос открытый. Буду благодарна за консультацию.